Marmorfoajén, Dramaten, Stockholm.
Under en paus i uppsättningen av Hamlet tar en kvinnlig självmordsbombare över fyrtio människor med sig i döden. Bland de svårt skadade finns Irma Ryding, Julia Malmros 80-åriga väninna. Ett nationellt trauma har skapats.
Efter en tid av skrivkramp har Julia återinträtt i polistjänst. Hon tilldelas perifera uppgifter i utredningen av bombdådet där hennes exmake Jonny Munther är biträdande spaningsledare. Julia hittar dock vägar att närma sig centrum, till Jonnys förtrytelse.
Kim Ribbing har beslutat sig för att låta bygga om sin sadistiske farfars herrgård till en flyktingförläggning. Efter ett attentat mot byggnaden börjar Kim göra efterforskningar och hittar kopplingar till dådet i Marmorfoajén.
Sedan sker ett nytt attentat. Denna gång är det en moské som sprängs under kvällsbönen, med ännu fler dödsoffer än på Dramaten. Känslorna svallar och ömsesidigt fientliga grupperingar bildas. Sverige blir ett delat land, där sannsvenskar och islamister hetsar på från varsitt håll.
Även Astrid Helander har via en ny väninna blivit mer radikal och deltar i en manifestation för djurrätt som till hennes förfäran urartar i grovt våld.
I slutändan visar sig alla trådar vara sammanknutna.
Anden i maskinen är en såväl kärleksfull som actionspäckad roman om polarisering och radikalisering, förankrad i samtiden på ett annat sätt än de två tidigare delarna av Blodstormen. Där Skriften i vattnet blickade ut och bort, och Rummet i jorden grävde ner sig i det inre, är Anden i maskinen en berättelse om här och nu och de entiteter som ställer oss mot varandra.
